Клуб покинул Премьер Лигу в 1980 году на один сезон и вернулся туда со своим новым тренером Отто Реххагелем для новых побед: второе место в 1983 и 1986 годах, и еще одно звание чемпиона в 1988 году. В Кубке Германии Вердер выходил в финал в 1989 и 1990 годах, но окончательно победил в 1991 году. В последующем Европейском Кубке Кубков Бремен также был успешен и выиграл его в 1992 году. В 1993 году Вердер стал чемпионом в третий раз. Кубок Германии был выигран снова и на следующий год, 1994.

В 1995 году Рехагель ушел из команды, чтобы тренировать Баварию Мюнхен, и это привело к кризису, который был разрешен только в 1999 году с приходом нового тренера Томаса Шаафа. Бремен выиграл у Баварии в финале Кубка. Последующие годы клуб закрепился в верхней половине таблицы лиги.

В 2004 году, спустя пять лет при Томасе Шаафе, Вердер Бремен завоевал свой четвертый Чемпионат, вырвавшись на 9 очков вперед, имея две игры в запасе, в выездной игре, победив своего вечного соперника Баварию Мюнхен со счетом 3-1. Они также победили команду из Второй Бундеслиги Алеманию Аахен 3-2 в финале Кубка Германии, завоевав кубок в пятый раз. Только четыре команды в Германии становились Чемпионами и Победителями Кубка за один сезон (дубль).